Монастырь находится в горах Южной Сербии, в ущелье Черной реки. Окружен высокими горными отрогами и дикими столетними лесами. Многие называют его сербским Острогом по аналогии с известным черногорским монастырем. Наряду с сербским монастырем Хиландар на Святой горе и Студеницей в Ибарской долине, монастырь Црна река имеет испосницы - кельи монахов-отшельников. Монастырь известен с 13 века, когда в одной из пещер была сооружена небольшая церковь, посвященная Архангелу Михаилу. Вскоре монахи-отшельники устроили себе кельи в соседних пещерах, оградили пещеру с церковью, построили деревянный подвесной мост над рекой. В 15 веке здесь подвизался известный подвижник Святой Иоаникий Девичкий со своими монахами. Позже святитель отправился в монастырь Девич (Косово), где продолжил свою подвижническую деятельность. Именно в Девиче хранятся его святые мощи. По преданию, когда рев горной реки мешал молитвам монаха Иоаникия, тот воскликнул «Замолчи!», и великим Божьим чудом река ушла под землю чуть выше монастыря и вновь вынырнула из скал ниже по течению. С тех пор абсолютная тишина, нарушаемая только птицами, окружает обитель. В начале 18 в. в монастыре действовала мастерская по переписыванию духовных книг и монашеская школа. За всю свою многовековую историю монастырь ни разу не разрушался. Здесь сохранились драгоценные образцы сербской духовной живописи 16 в. В 20 в. долгие годы монастырь пустовал. В 1979 г. епископ рашко-призренский Артемий обосновался в монастыре, и вскоре собрал вокруг себя молодое братство. Сейчас в монастыре 13 монахов.
Во второй половине 17 в., в суровые времена османского владычества в Црну реку из монастыря Сопочани были перенесены мощи Святого Короля Стефана Первовенчанного. Здесь они хранились 9 лет, после чего были перенесены в монастырь Студеница, где находятся до сих пор. В монастыре хранятся чудотворные мощи Преподобного Петра Коришского, сербского подвижника 13 в. дабы сохранить его мощи, они были тайно перенесены в Црну реку из косовского Маркова монастыря. Люди верят, что переночевав под мощами Преподобного Петра, можно излечиться от многих заболеваний.